1. 2006cı ildə, çernobıl aes`ində 2ci partlayış baş verir və ərazidə "zona" yaranır. zona özü bir növü canlı təbiətdi. ərazidə özü yeni mutantlar, anomaliya zonaları və artefaktlar yaradır.
ukrayna hakimiyyəti vəziyyəti öyrənmək üçün çernobıla ordu və tidqiqatçılar qrupu göndərir ancaq onların əksəriyyəti zona tərəfindən məhv edilir. nəticədə ərazinin sərhədlərində blokpostlar yaradılır və ərazi güclü mühafizə olunan, təcrid olunmuş bir sahəyə çevrilir. güclü mühafizəyə baxmayaraq, bu xəbərlər itirməyə heç nəyi olmayan insanları özünə çəkir. insanlar gizlicə zonaya daxil olur, artefakt axtarışına başlayırlar. oyunun adı da elə bununla bağlıdı. stalker sözünün mənası, ingiliscədən tərcümədə izləmək, axtarmaq, axtarıb tapmaq və sairə kimi mənalara çıxır. artefakt axtarışına gələnlər, zonaya daxil olandan sonra işin ciddiyətini anlayırlar. artıq zonada stalkerlər adlanan qruplar yaranmağa başlayır. onlar həmişə silahlı, və ayıqdırlar. onlar mutantlardan sonra, zonanın 2ci sakinləridir.

oyunun başlanğıcında ölüləri daşıyan bir yük maşını görünür. yük maşını yol ilə kordona doğru irəliləyir və bu vaxt maşını ildırım vurur. və artıq səhərdir, bir stalker partlamış maşının yanında sağ qalanların olub olmadığını yoxlayır. qəhrəmanımız ilk burda görünür. stalker qəhrəmanı çiyninə alıb sidiroviçin yanına gətirir. sidiroviç, zonanın bir növü missiya informatorudu. o qəhrəmanımızı sağaldır, və qəhrəman artıq ona borcludu. qəhrəmanın qolunda s.t.a.l.k.e.r döyməsi var. elə burdan da, sidiroviç yaddaşını itirmiş qəhrəmana ad qoyur: damğalı (işarəli, marked one, меченый)
qəhrəmanın pda`sında bir tək missiya var: "streloku öldür!"
və burdan macəralar başlayır. oyun ərzində biz yeni düşmən və dostlar qazanacaq, duty və freedom kimi bir birinə düşmən iki fərqli idealogiya sahibi stalker qruplaşmaları ilə tanış olacıyıq. sonda strelokun kim olduğunu, onun taleyini öyrənəcək, ruhunu zonaya satmış monolith stalker qruplaşmaları, mutantlar, ukrayna ordusu və banditlər kimi düşmənlərlə üzləşəcəyik.

oyun həm first-person shooter həm də rpg elementlərini özündə birləşdirir. oyun ərzində biz müxtəlif silahlar, güllələr, geyimlər (kombinzonlar) və sairə əldə edəcəyik.