5. Riyaziyyatdakı məşhur teoremindən əlavə , musiqi üzərinə düşünən ilk filozoflardan biridir.Pythagorean tuning deyə adlanan akord sistemini qurmuşdur. Bu sistem, musiqidəki intervalların riyazi nisbətlərə əsaslanaraq tənzimlənməsi ilə qurulub. Pifaqor akord sistemində əsas interval 3:2 nisbətindəki beşlidir ( perfect fifths ).Bu nisbət, bir notun (misal üçün, Do) beşinci notunun (Sol) tezliyinin ona nisbətidir.Bu akord sistemi günümüz musiqi nəzəriyyəsinin formalaşmasının başlangıç nöqtələrindən biridir.Pifaqor akord sisteminin ən böyük problemi wolf fifth adlanır.Bu problemin niyə ortaya çıxdığını yazsam roman olar ona görə , maraqlanan araşdırıb bu akord sistemi və bu problem ilə əlaqədar maraqlı məlumatlar əldə edə bilər.Bugün isə qərb musiqisində istifadə olunan instrumentlər üçün wolf fifth problemi olmayan və equal temperament adlanan akord sistemindən istifadə edirik.