İnsan neyral kök hüceyrələrində SNPs-in tənzimləyici potensialının genişmiqyaslı identifikasiyası

GWAS müxtəlif insan fenotipləri ilə əlaqəli minlərlə SNP-ni müəyyənləşdirmişdir. Əksər SNP-lər genonun kodlaşdırılmayan bölgələrində yerləşir, burada səbəbkar SNP-lərin kiçik bir alt dəstinin transkripsiyanı tənzimləməklə riskə töhfə verəcəyi düşünülür. Bununla birlikdə, SNP bloklarının birgə irsi olduğu əlaqəli tarazlıq qeyri-sabitliyi səbəbindən bu cür səbəb variantlarının müəyyən edilməsi çətinlik çəkir. Burada, 7,1 milyon SNP-nin transkripsiya tənzimləmə potensialını qiymətləndirmək üçün insan sinir kök hüceyrələrində SuRE adlı böyük paralel reporter testi aparırıq. 484 057 SNP arasında kifayət qədər yüksək ifadə ilə 7.002 tənzimləyici potensial (emVars) müəyyənləşdiririk. Bu emVars artıcılarla zənginləşir və tez-tez ZBTB33, YY1 və ETS faktorları kimi transkripsiya faktorlarının bağlanma saytları ilə üst-üstə düşür. Biz SuRE məlumatlarını eQTL məlumatları ilə üst-üstə düşürük ki, genlərin ehtimal olunan tənzimləyici variantlarını müəyyən edək. Bundan əlavə, SuRE- nin 7 neuropsixiatriyalı fenotip üçün verdiyi məlumatları GWAS- la birləşdirməklə SuRE tərəfindən qiymətləndirilən 183.186 SNP- ni ehtiva edən risk lokisində 187 emVars müəyyənləşdirilir. Nəhayət, bizim SuRE məlumat dəstimiz mürəkkəb insan fenotipləri üçün əhəmiyyətli ola biləcək genetik variantları prioritetləşdirmək üçün zəngin bir mənbə təmin edir.

Yazıçılar məlumatların işlənməsində köməklik göstərdiyi üçün Ludo Pagie-yə təşəkkür edirlər.

E.K., E.S.v.Z. və N.H.M.K. ZonMw Open grant 09120012010099-dan dəstəklənib, M.P.d.A. NWO-nun ALW-a açıq proqram grantı (ALWOP.372) ilə dəstəklənir.

Bu müəlliflər də eyni dərəcədə töhfə verirdilər: Eline Koornstra, Eva S. van Zanten, Noud H. M. Klaassen.

İnkişaf Biologiya Bölməsi, Erasmus MC, Rotterdam, Hollandiya

Eline Koornstra, Lize Meert, Mariana Pelicano de Almeida, Mike R. Dekker & Raymond A. Qazan