Bu məqalə Science X-nin redaktorluq prosesi və siyasətlərinə uyğun olaraq nəzərdən keçirilib. Tərcüməçilər məzmunun etibarlılığını təmin edərkən aşağıdakı xüsusiyyətləri vurğulayıblar:
Ağır və həyatı təhlükə altına alacaq infeksiyalarda xəstənin nümunəsindəki mikroorqanizmlərin sürətlə xarakterizasiyası diaqnozu və müalicəni idarə etməyə kömək edə bilər. Taxonomik profilerlər kimi tanınan hesablama metodları mikroorqanizmlərin genomik məlumatlarından əldə olunan metagenom sekvensiya məlumatlarını təhlil edə və onu fərdi mikroorqanizmlərin istinad genomları ilə müqayisə edə bilər. Lakin taksonomik profilyerlər hələ inkişaf altında və hələ ümumi istifadədə deyil. Hal-hazırda tətbiq olunan metodlar yanlış müsbət nəticələr və ya qeyri-dəqiq bolluq təxminlərini verə bilər.
Helmholtz İnfection Research Center (HZI) tədqiqatçıları Metax adlı yeni taksonomiki profilyer hazırladılar. Mikrobial istinad genomlarında sıralama oxumalarının necə paylaşıldığı barədə məlumatlardan istifadə edərək Metax ədəbiyyatlardan əsl mikrobial siqnalları daha etibarlı şəkildə fərqləndirə və həm taxonomik təyinat, həm də bolluq qiymətləndirilməsini yaxşılaşdırır. Tədqiqat "Cell" jurnalında dərc olunub.
"Məsələn, klinik nümunələrdə mikrobiyal profili bir infeksiya üçün əhəmiyyətli ola biləcək mikroorqanizmlər haqqında vacib məlumat verə bilər", - HZI-də "İnfection Research for Computational Biology" tədqiqat qrupunun rəhbəri və professoru Alice McHardy izah edir. "Bu cür məlumatlar müəyyən edilmiş diaqnoz metodlarını tamamlaya bilər və tədqiqatçılara və kliniklərə potensial patogenlərin araşdırılmasına kömək edə bilər. Lakin taksonomik profilyələşmə klinik tətbiqlərdən kənarda, insan mikrobiomunun araşdırılmasından ətraf mühitin monitorinqinə qədər eyni dərəcədə vacibdir".
Taxonomik profillərin əksəriyyəti bir nümunədən sıralama oxumalarını verilənlər bazasında saxlanan istinad genomları ilə müqayisə edir. Bu asan görünən iş, müxtəlif mikroorqanizmlərin çox oxşar DNA sekanslarını paylaşa biləcəyi faktı ilə mürəkkəbləşir. Referent genomlar da kontaminasiya sıraları ola bilər.
Bundan əlavə, mikrobiyal DNA-nın izləri bəzən nümunə hazırlama zamanı istifadə olunan laboratoriya reagentlərindən ola bilər.
Xülasə — davamını mənbədə oxuyun.
