RNA emal faktorları iskemik insultda mikroqlial heterogenlik və hüceyrələrarası ünsiyyətlə əlaqəlidir

İshimik insult (İS) qlobal miqyasda ölüm və uzunmüddətli əlilliyin aparıcı səbəbidir, bu da onun patogenesisində disregulated RNA işlənməsinin iştirakı ilədir. Bu tədqiqat inteqrasiya edilmiş transkriptomik analizlər vasitəsilə İS-də RNA emal faktorları (RNAPF) ilə əlaqəli əsas genləri müəyyənləşdirmək məqsədi daşıyırdı. İnsan qanından (GSE16561 və GSE58294) və siçan beyin toxumalarından (GSE174574) tək hüceyrəli RNA sekvensiya məlumatları mikro- sıralama məlumatları təhlil edildi. Kandidat genləri diferensial ifadə analizi vasitəsilə skrininq edilərək RNAPF-ə bağlı genlərlə kəsilib. Maşın öyrənmə alqoritmləri xüsusiyyət genlərini müəyyənləşdirdi, buna diaqnoz təsdiqləməsi və funksional xarakterizasiya davam etdi. İmmun infiltrasiyası transkriptomik səviyyədə xarakterizə edildi, hüceyrə heterogenliyi isə tək hüceyrə həllində araşdırıldı. Pseudo- replikasiyalardan qaçınmaq üçün, tək hüceyrə məlumatlarından alınan bütün statistik nəticələr bioloji replikasiya səviyyəsinə (qrup başına n = 3) qaldırıldı. Hüceyrə tipli və mikroglial alt tipli nisbətləri Wilcoxon sıra-sum testləri ilə nümunələrin qruplaşdırılması ilə müqayisə edildi. RT-qPCR texnologiyasından istifadə edərək, biz bu bioinformatik tapşırıq üçün ilkin dəstək verən kiçik miqyaslı klinik nümunə dəstində (n = 5 qrup) əsas genlərdəki ifadə fərqlərinin ilkin qiymətləndirilməsini həyata keçirdik. RNASEL və SRPK1-in maşın öyrənməsi və təsdiqləmə kohortları vasitəsilə potensial əsas genlər kimi təsbit edilməsi ilə ümumilikdə 12 namizəd RNA emal ilə əlaqəli gen müəyyənləşdirilib. Hər iki genin inteqrasiya olunduğu nomogram yüksək diaqnoz dəqiqliyini göstərdi. Funksional zənginlik əsas genləri Toll-like reseptyor və kemokin siqnallaşdırması kimi neuroinflamasiya yolları ilə əlaqələndirir. Immun pozuntuları müşahidə edildi, RNASEL/ SRPK1 M0 makrofagları və neytrofillərlə müsbət əlaqədə idi. Bir hüceyrə analizində mikroglia hüceyrə növü kimi maraqlandı. Proqram səviyyəsində (n = 3 qrupda) mikroglia İS-də azalma tendensiyasını göstərdi (24,40% vs. 21.51%,). Mikroglial alt tipli analiz MG_Homeostatic_Slc2a5 (88, 50% → 15, 60%) - nin kəskin azalmasını və MG_IEG_Egr1 (3, 75% → 46, 74%) və MG_Postnatal- PAM_Spp1 (0, 05% → 21, 22%) - nin İS -də əhəmiyyətli bir şəkildə genişlənməsini ortaya çıxardı. Pseudobulk DESeq2 analizi RNASEL- in əhəmiyyətli dərəcədə aşağı tənzimləndiyini (log2FC = − 1,127, padj < 0, 001) göstərdi, SRPK1 isə IS mikrogliasında əhəmiyyətli dərəcədə yuxarı tənzimləndiyini (log2FC = 0, 599, padj < 0, 001) göstərdi. Hüceyrələrin ünsiyyətinin təhlili monocitlər mikrogliası ilə əlaqələrin yaxşılaşdırıldığını göstərdi. RT-qPCR analizi kiçik, lakin klinik xarakterli kohortda (qrup başına n = 5) bioinformatik analizlərdə müşahidə olunan əsas gen ifadəsi nümunələrini ilkin olaraq dəstəklədi, baxmayaraq ki, bu tapıntılar daha böyük kohortlarda təsdiqlənməsini tələb edir. RNASEL və SRPK1 İMS-də immun disreqülasyon və mikrogliyal reprogramlaşdırma ilə əlaqəli olan dəyişmiş ifadəsi olan RNAPF namizədləri kimi xidmət edə bilər. Mikroglial alt tiplərə aid dəyişikliklər və dəyişmiş hüceyrələrarası rabitə şəbəkələri daha da mexaniki araşdırma üçün fərziyyələr təmin edir.

Gliseraldehid-3-fosfat dehidrogenasi

Ən az mütləq küçülmə və seçmə operatoru

Tək hüceyrəli tənzimləyici şəbəkələrin nəticə çıxarılması və qruplaşdırılması

Dəstək vektor maşını - rekursiv xüsusiyyətlərin aradan qaldırılması

Tandem pore domen halotan-inhibited K+ kanal