Bu məqalə Science X-in redaksiya prosesinə və siyasətlərinə uyğun olaraq nəzərdən keçirilib. Redaktorlar məzmunun etibarlılığını təmin edərkən aşağıdakı atributları vurğuladılar: Təsəvvür edin ki, həkimlər dəqiq olaraq hansı hüceyrələrin xəstənin xərçənginə səbəb olduğunu və ya patogenlərin xəstəliyə töhfə verib-vermədiyini anlaya bilərlər. Daha sonra onlar məlumatı xəstənin xüsusi xərçənginə uyğun müalicə planı hazırlamaq üçün istifadə edə bilərlər.
Lakin bu cür suallara cavab vermək, dünyanın hər yerindəki nəhəng verilənlər bazalarında saxlanılan minlərlə təcrübədən əldə edilən məlumatları araşdırmaq deməkdir. Üstəlik, axtarışlar ən azı bir neçə gün çəkəcək. İndi Maks Delbrük Mərkəzinin (MDC-BIMSB) Berlin Tibbi Sistemlər Biologiyası İnstitutunun tədqiqatçıları bu cür tapşırıqları kökündən asanlaşdıran axtarış sistemini təqdim edirlər: “Malva”. Təbiətdə tədqiqatın ilk müəllifi Daniel León-Periñán izah edir ki, bu, yalnız ardıcıllıq məlumatından istifadə edərək kütləvi tək hüceyrəli məlumatları tez çeşidləyə bilən ilk platformadır.
León-Periñán MDC-BIMSB-nin direktoru Dr. Nikolaus Rajewskinin Gen Tənzimləyici Elementlərin Sistem Biologiyası laboratoriyasında doktorantdır. "Google-un 30 il əvvəl internet üçün etdiyi kimi, Malva da elm adamlarına və süni intellekt alətləri böyük faylları yükləmədən, istinad genomuna ehtiyac duymadan və ya dərin hesablama təcrübəsi olmadan saniyələr ərzində milyonlarla hüceyrə arasında axtarış aparmağa imkan verir", - məqalənin baş müəllifi Rajewski əlavə edir.
"Malva statik transkriptomik atlasları dinamik resurslara çevirir ki, bu da bizim RNT biologiyası haqqında anlayışımızı daha da artıracaq. Bu, həmçinin tədqiqatçılara sağlamlığın necə xəstəliyə çevrildiyini və ya hansı hüceyrələrin xüsusi tibbi müalicələrə necə reaksiya verdiyini anlamağa kömək edə bilər." Təkhüceyrəli RNT ardıcıllığı tədqiqatçılara hər hansı bir zamanda ayrı-ayrı hüceyrələrin daxilində baş verənlərin olduqca təfərrüatlı görünüşünü verir. Son on ildə dünya üzrə tədqiqatçılar terabaytlarla məlumat toplayıblar.
Ancaq DNT və ya RNT ardıcıllığı haqqında daha çox məlumat əldə etmək üçün onu əldə etmək istəyən hər kəs bir çox maneələrlə üzləşir. Onlar petabaytlarla işlənməmiş faylları endirməli və təkrar emal etməlidirlər - bu, heç bir laboratoriyanın edə bilmədiyi vəzifədir - və müxtəlif mənbələrdən məlumatların necə standartlaşdırılmasını başa düşməlidirlər. Üstəlik, məlumatların indeksləşdirilməsi üsuluna görə, RNT izoformları - eyni gen tərəfindən kodlanmış bir neçə RNT variantı haqqında məlumat olduqca məhduddur.
Tapşırığı sadələşdirmək və məlumatların cavab verə biləcəyi sualların növlərini genişləndirmək üçün León-Periñán və birinci müəllif Dr. Nikos Karaiskos, həmçinin Rajewsky laboratoriyasından, ictimai anbarlardakı məlumatları təkrar emal etdilər və onları nukleotid ardıcıllığı ilə axtarmağa imkan verdilər. Malva həmçinin məkan məlumatlarını indeksləşdirir, beləliklə tədqiqatçılar toxuma bölməsində müəyyən bir RNT-nin harada yerləşdiyini tapa bilsinlər.
Xülasə — davamını mənbədə oxuyun.
