Uşaqlıq dövrü sosial təcridindən sonra siçan hipokampus CA1‑də gen ifadəsi və xromatin əlçatanlığının çox‑omik profilaktikası

Gənclik dövründə sosial təcrid (SI) neurobioloji dəyişikliklərlə əlaqədardır; lakin hipokampal epigenom və transkriptom üzərində təsiri hələ də aydın deyil. Biz bir hüceyrə RNA-seq istinad xəritəsi və hüceyrə tipli dekonvolyusiyası ilə yeniyetmə siçan modelində hipokampal CA1-in ATAC-seq və RNA-seqini həyata keçirdik. ATAC-seq, SI- ilə əlaqəli xromatin əlçatanlıq dəyişikliklərinin namizədlərini müəyyənləşdirdi, nominal funksional zənginlik artmış gücləndiricilərlə əlaqəli regionları kalsium nəqliyyatı ilə və azalmış təşviq regionlarını sinaptik təşkilatla əlaqələndirir. Təxribatların təhlili aktivator proteinin 1 (AP-1) motivinin az sayda əlçatan namizəd bölgələr arasında zənginləşdiyini göstərdi. RNK- sek 106 fərqli ifadə olunan gen (DEG) müəyyənləşdirdi, o cümlədən yuxarı səviyyədə tənzimlənmiş Fosl2 və Hdac9 və aşağı səviyyədə tənzimlənmiş Fbxw7, mielinasiya ilə əlaqəli yolların zənginləşməsi ilə. Xromatin əlçatanlığı və transkripsiya dəyişiklikləri arasında qlobal uyğunluq məhdud olsa da, inteqrasiya edilmiş analiz DEG-lərin bir alt dəstində ifadə və yaxınlıqdakı namizəd əlçatanlıq dəyişiklikləri arasında istiqamət uyğunluğu göstərdi. Hüceyrə tipli analizlər SI-nin aşağı-təyin edilən transkripsiyal imzaların həyəcanlı nöronlarla əlaqəli olduğunu, SI-nin yuxarı-təyin edilən imzaların isə qeyri-nevronal populyasiyada, xüsusilə oligodendrocitlərdə zənginləşdiyini göstərdi. Dekonvolyusiyanın nəticəsində təcrid edilmiş siçanlarda oligodendrocitlərin təmsil edilməsi daha yüksək və həyəcanlandırıcı nevronların təmsil edilməsi daha aşağıdır. Bu nəticələr göstərir ki, yeniyetmə SI hipokampal CA1-də transkriptomik yenidənqurma və namizəd kromatinin əldə edilmə qabiliyyətində əhəmiyyətli dəyişikliklərlə, fərqli nevronal və glial əlaqəli transkripsiya imzaları ilə əlaqələndirilir.

Texniki yardımları üçün Kanazawa Universitetinin Biomedik tədqiqat və təhsil mərkəzinə təşəkkür edirik. İngilis dilində tərtib etdiyinə görə Editage (www.editage.jp) təşəkkür edirik.

Bu tədqiqat JST SPRING, Grant Nömrəsi JPMJSP2135; JST PRESTO, Grant Nömrəsi JPMJPR22S5; JSPS KAKENHI, Grant Nömrəsi JP23K27835 tərəfindən dəstəklənmişdir.

Bioinformatika və Genomika kafedrası, Kanazawa Universitetinin Gelişmiş Preventiv Tibb Elmləri Yüksək Məktəbi, Kanazawa, Yaponiya

Yaponiyanın Çu şəhərindəki Yamanashi Universitetinin Tibb Fakültəsində Anatomiya və Sistem Biologiya kafedrası

Beyin və İstiqraz Araşdırmalar İnstitutu və Biologiya və Biomedik mühəndisliyi təzyiqi, Hong Kong Elm və Texnologiya Universitetinin (Quançu), Quançu, 511453, Çin