Xəstəliklə əlaqəli genlərin alternativ transkriptlərinin və onların hüceyrə tipi spesifikliyinin tədqiqi – ANK3 ilə bağlı nümunəvi araşdırma

ANK3 geninin bipolar pozğunluqla qəti şəkildə əlaqəli olduğu, lakin xəstəlik etiologiyasında rolunun hələ də qeyri-müəyyən olduğu bildirilir: həm spesifik transkript, həm də onu ifadə edən hüceyrə tipli hələ də qeyri-müəyyən olaraq qalır. Bu, poligen neyropsixiatriya pozğunluqları ilə əlaqəli genlər üçün demək olar ki, universal bir problemdir. Bu təəssüfkar durğunluğun səbəblərindən biri də, insan transkript verilənlər bazasının genlərin alternativ isoformlarının tam olmayan siyahısı olması və onların ifadə edildiyi hüceyrə növlərini müəyyənləşdirmək texniki cəhətdən çətin olmasıdır. Burada ANK3-ün bilik boşluğuna toxunuruq. ANK3 zəngin alternativ bir dartma və nevronlarda və oligodendrocitlərdə əhəmiyyətli neurobioloji rolundan ötrü faydalı bir hal tədqiqatıdır. İnsan və siçan ANK3 eksonlarını müəyyən etmək üçün oxford nanopore sekvensiyası ilə tam uzunluqlu transkripsiyaları istifadə etdik. Sonra beyin nüvələrini təcrid edirik və sıralayırıq və alternativ olaraq qarışıq olan eksonların hüceyrə tipli xüsusi ifadəsi ölçmək üçün damla rəqəmsal PCR istifadə edirik. ANK3-ün RefSeq transkript qeydlərinin bir çox alternativ olaraq qatılmış eksonlardan az olduğunu təsdiqləyirik və göstəririk ki, aşağı ifadə olunmasına baxmayaraq, bu eksonlar çox təkamül baxımından qorunub saxlanılır və güclü hüceyrə tipli xüsusiyyətə malikdir. Psixi xəstəliklərin etiologiyasını aydınlaşdırmaq üçün bütün xəstəliklərlə əlaqəli genlərin transkripsiyalarının və bu transkripsiyaların ifadə olunduğu hüceyrə növlərinin ümumvi nəzərdən keçirilməsini tələb edəcəkdir. ANK3-də aparılan bu iş, bu informasiyanın hazırda nə dərəcədə çatışmadığını, informasiyanın əldə edilmə yollarını və bu prosesdə rast gəlinən texniki çətinlikləri göstərir.

Sequencing xidməti Norveç Sequencing Mərkəzi (www.sequencing.uio.no) tərəfindən təqdim edilmişdir. Bu, Oslo Universitetinin ev sahibliyi etdiyi və Norveç Tədqiqat Şurasının və Cənub-Şərqi Regional Səhiyyə Rəsmiləri tərəfindən Fonksional Genomics və İnfrastruktur proqramları tərəfindən dəstəklənən milli texnologiya platformasıdır. Sortlama xidməti OUS-Ullevål-dəki axın sitometriyası əsas müəssisəsində (www.ous-research.no/flow/) həyata keçirilirdi. Hans Hjortaug və Elena Kondratskaya dəyərli şərhlər və müzakirələr üçün təşəkkür edirik.

Bu tədqiqat Norveç Tədqiqat Şurasının maliyyələşdirməsindən dəstəklənib (295679).

Tibb Genetika Bölməsi, Oslo Universitet Xəstəxanası və Oslo Universitetinin Oslo, Norveç

Martin Falck, Denis Reis de Assis, Asbjørn Holmgren, Ragnhild Aaløkken, Sarah Åsheim, Srdjan Djurovic & Timothy Hughes

FYSCELL - Yerli immunologiya və nanomedicinlər (Təmaslı immunologiya), Oslo Universiteti, Oslo, Norveç