Proqram 1950-ci illərin əvvəlindən 60-cı illərin sonuna kimi açıq, sonra isə gizli fəaliyyət göstərib. Mərkəzi Kəşfiyyat idarəsi bilərəkdən 1973-cü ildə MK-ULTRA layihəsinin əsas fayllarını məhv etdi. Bu da 1975-ci ildə Amerika Konqresi-nə təcrübənin fəaliyyətini öyrənmək işində əngəl yaratdı.
Təcrübə altında olanlara kimyəvi maddə yeridilir və elektrik cərəyanı vasitəsilə komatoz vəziyyətə çatdırılandan sonra maqnit lentini dinləməyə məcbur edilirdi. Səs yazısında sadə komandalar dəfələrlə təkrar edilirdi. Məqsəd yaddaşın tam pozulması üsullarını kəşf etmək və şəxsiyyətin tam dəyişdirilməsi məsələsində irəliləyiş əldə etmək idi. Təcrübəni Allan Memorial institutuna çox da böyük olmayan nasazlıqlarla, məsələn nevroz, ya da doğuşdan sonrakı depressiya kimi şikayəti olanlar üzərində qoyulurdu.
Məsələnin ictimailəşməsindən sonra yaranmış skandal parlament tədqiqatı aparmağa və sonunda insan üzərində aparılan hər hansı təcrübənin yazılı razılıq ilə alınmasına dair qanun qəbul edilməsinə təkan verdi.