1. azərbaycan xalq cəbhəsinin üzvü, milli məclisin deputatı olub, naxçıvan sərhəd qoşunlarına başçılıq edib.1995-ci il iyunun 17-də naxçıvanın culfa rayonu, əbrəqonis kəndi yaxınlığında avtomat silahlardan atəşə tutulub. 9 güllə yarası alıb. iyunun 29-da şüvəlan həbsxanasında vəfat edib.beynəlxalq təşkilatlar və amerika dövlət departamenti şahmərdan cəfərovun qətlinin araşdırılmasını azərbaycan rəhbərliyindən tələb edib.rəsmi məlumatlara əsasən, ş.cəfərov polisə silahlı müqavimət göstərərkən qətlə yetirilib. lakin ai hesabatında bildirilir ki, ağır yaralanmış ş.cəfərovu naxçıvan xəstəxanasına polis deyil, yerli sakinlər çatdırıblar. onun naxçıvandan bakıya niyə gətirilməsi və şüvəlan həbsxanasında ölməsi faktına da aydınlıq gətirilməyib.