Transkriptomikaya əsasən, işəmli insultda inteqrasiya olunmuş stress cavabı ilə əlaqəli biomarkerlərin identifikasiyası və validasiyası

İskemiyalı insult (İS) çox yayılmış cerebrovaskular xəstəlikdir. İnteqrasiya edilmiş stres reaksiyası (İSR) bir çox serebrovaskular xəstəliklərdə mühüm rol oynayır, onun xüsusi iştirakı və İS-də əlaqəli biomarkərlər hələ də tam olaraq başa düşülməmişdir. Bu tədqiqat ISR ilə əlaqəli gen biomarkərlərinin (ISR-RG) müəyyənləşdirilməsi və təsdiqlənməsini hədəfləyirdi. IS ilə əlaqəli transkriptomiki məlumat dəstləri ictimai məlumat bazalarından əldə edilmiş və ədəbiyyatdan ISR-RG-lərin curated siyahısı əldə edilmişdir. GSE16561 məlumat dəstinin fərqlənmə ifadəsi analizi ilə İS xəstələrindən sağlam nəzarətçilər arasında fərqlənmədən ifadə olunan genlər (DEG) müəyyənləşdirilib. Kandidat genləri sonra DEG-ləri ISR-RG ilə kəsişərək əldə edilmişdir. Daha sonra potensial biomarkərlər maşın öyrənmə alqoritmləri (LASSO və SVM-RFE) istifadə edərək müəyyən edilmiş, qəbul edən operator xüsusiyyət əyrənmə analizi ilə təsdiq edilmiş və məlumat dəstləri üzrə ifadə uyğunluğu ilə təsdiq edilmişdir. Son biomarkərlər arasında əlaqələr analizi aparılıb. Prediktiv nomogram hazırlanıb və onun performansı kalibrasiya və qərar əngəlinə analizlər vasitəsilə qiymətləndirilib. Bundan əlavə, əsas molekulyar mexanizmləri aydınlaşdırmaq üçün gen dəstlərinin zənginləşdirilməsi təhlili (GSEA), dərman hədəf proqnozu və RNA N6-metiladenosin (m6A) metilasiya yerinin proqnozu aparıldı. Son olaraq, müəyyən edilmiş biomarkərlərin ifadə səviyyələri klinik nümunələrdə əks transkripsiya miqyaslı PCR (RT-qPCR) istifadə edərək təcrübə ilə təsdiqləndi. Təhlilimiz GSE16561 kohortunda 600 DEG-i müəyyənləşdirdi. BNIP3L, G6PD və TAOK1 genləri inteqrasiya metodu ilə ISR ilə əlaqəli biomarkərlər kimi müəyyən edilmişdir. Biz nomogramı təhlil etmək üçün üç biomarkerini birləşdirdik və nəticələr yaxşı bir proqnoz dəqiqliyini göstərdi. GSEA göstərdi ki, hər üç biomarker purin metabolik yolunda birgə zənginləşmişdir. İlaçların proqnozlaşdırıcı təhlili imatinib, natrium nitrat və ofloksacin də daxil olmaqla bu biomarkərlər üçün 43 potensial terapevtik birləşmə müəyyənləşdirdi. M6A metilmə yerlərinin proqnozlaşdırılması TAOK1-in bir neçə modifikasiya yerinin olduğunu, G6PD və BNIP3L-in isə daha az, lakin fərqli modifikasiya spektrinin olduğunu göstərdi. Nəhayət, biz bioinformatik proqnozlara uyğun olaraq klinik nümunələrdə yuxarıda göstərilən markerləri yoxlamaq üçün RT-qPCR istifadə etdik. Bu araşdırmada IS-də üç namizəd biomarkeri (BNIP3L, G6PD və TAOK1) müəyyən edilmişdir. ISR-nin iskemik insultda iştirakına ilkin məlumatlar verərək daha böyük kohortlarda təsdiqlənməsini təmin edir.

Bu araşdırma heç bir maliyyələşdirmə ilə dəstəklənməyib.

Çonçinqdəki ordu tibb universitetinin ilk bağlı xəstəxanasının Jiangbei kampusunun nevrologiya şöbəsi

Wei Zhou, Jian Chen, Qiuxia Chen, Chaofang Zhou & Huchuan Zhou

Çin Çonqçingdəki Hərbi Tibb Universitetinin Birinci Əməkdar Xəstəxanasının Jiangbei Kampusunda Fərmatika Bölməsi

Müəlliflər heç bir rəqabət maraqlarının olmadığını bəyan edirlər.